En el año de 1970 se crea la Dirección General de Educación Superior (DGES), debido a la necesidad de apuntalar y acelerar el desarrollo de la educación técnica superior. Las funciones que originalmente desempeñaba estaban encaminadas a coordinar las tareas de los institutos tecnológicos regionales en el país.
En 1978, se da una reestructuración del sistema educativo nacional y se crea la Dirección General de Institutos Tecnológicos Regionales asumiendo las funciones que venía desarrollando la DGES. A ésta última le asignan las funciones de apoyar el desarrollo académico, así como la canalización de las aportaciones federales a instituciones públicas de educación superior y se adscribe a la recién creada en ese entonces Subsecretaría de Educación Superior e Investigación Científica.
Estos cambios se dan en el marco de un crecimiento acelerado de la matrícula de estudiantes (15 % anual), de las presiones que las estructuras académico-administrativas de las instituciones de educación superior estaban resintiendo por el crecimiento antes señalado; la apertura indiscriminada de nuevas carreras y el surgimiento de numerosas instituciones educativas de nivel superior de naturaleza privada.
Entre 1989 y 1990 se le proporciona a la DGES mayor estructura orgánico-funcional con el propósito de apoyar las diversas tareas del Sistema Nacional de Planeación Permanente de la Educación Superior y los acuerdos derivados del Plan Nacional de Educación Superior, el cual buscaba dar solución a los problemas de tipo académico, administrativo, informático y financiero que enfrentaban las instituciones de educación superior.
Un nuevo cambio en la estructura de la DGES se da en 1991, con la finalidad de dar atención a los compromisos derivados del Programa para la Modernización Educativa y del Programa Integral para el Desarrollo de la Educación Superior. En este momento se integra a la estructura programática - presupuestal de la DGES, la Escuela Nacional de Biblioteconomía y Archivonomía, para iniciar su reorganización como institución de educación superior, la cual cuenta con una estructura académica organizacional aprobada por las instancias correspondientes. En la actualidad la escuela para impulsar su desarrollo se integró al Instituto Politécnico Nacional.
En 1994, se realiza un proceso más de actualización de la estructura orgánico - funcional de la DGES, debido a un programa de racionalización administrativa que da como resultado la integración de las funciones de superación académica de la cancelada Dirección General de Investigación Científica y Superación Académica; así como para atender las atribuciones conferidas en el Reglamento Interior de la Secretaría de Educación Pública, publicado en el Diario Oficial de la Federación el 26 de marzo de 1994.
El 20 de diciembre del 2002, se publica en el Diario Oficial de la Federación el Reglamento Interior de la Secretaría de Educación Pública, en el cual se conservaron las mismas atribuciones para la DGES, sin embargo, a partir de este año se inicia un proceso de reestructuración cuyo objetivo era adecuar y hacer congruente la estructura orgánica funcional para lograr los objetivos y metas planteados en el Plan Nacional de Desarrollo 2001-2006 y en el Programa Nacional de Educación 2001-2006 en materia de educación superior.
El 21 de enero del 2005, se publica en el Diario Oficial de la Federación un nuevo Reglamento Interior de la Secretaría de Educación Pública, con el cual se inicia un proceso de reestructuración de la dependencia, con dicho ordenamiento desaparece la Subsecretaría de Educación Superior e Investigación Científica (SESIC) y se crea la Subsecretaría de Educación Superior (SES), asimismo cambia de denominación la Dirección General de Educación Superior (DGES) para quedar como Dirección General de Educación Superior Universitaria (DGESU) a la cual se le adecúan y agregan atribuciones y se adscribe a la SES, según el Acuerdo número 351 publicado en el Diario Oficial de la Federación el 4 de febrero del 2005.
El 15 de septiembre del 2020, se publicó en el Diario Oficial de la Federación el Reglamento Interior de la Secretaría de Educación Pública, en él se establecen las nuevas atribuciones de esta Dirección General entre las que se destacan como ámbito de competencia y trabajo las denominadas Universidades Interculturales las cuales están constituidas en alguna entidad federativa bajo una perspectiva de interculturalidad, por lo que cambia la denominación de Dirección General de Educación Superior Universitaria (DGESU) a la de Dirección General de Educación Superior Universitaria e Intercultural (DGESUI), con el propósito de establecer mecanismos de coordinación con y entre las instituciones que impartan educación superior universitaria e intercultural en las entidades federativas.